Мир, едва оправившийся от катастрофической битвы титанов, снова балансирует на грани неизбежного хаоса. Прошлое пятилетие стало периодом хрупкого перемирия между человечеством и древними существами, но этот неустойчивый покой оказался иллюзорным. Годзилла, некогда восстановивший природный порядок и признанный временным защитником Земли, внезапно выходит из океанских глубин и начинает целенаправленно атаковать стратегические объекты могущественной корпорации «Апекс» в разных точках планеты. Его ярость кажется немотивированной и слепой — он разрушает доки, бункеры и исследовательские центры с беспрецедентной точностью, ставя под сомнение свой статус хранителя баланса и вызывая панику среди мировых лидеров.
Параллельно в гигантском биотехнологическом куполе, созданном организацией «Монарх» на отдалённом острове, проводит свои дни последний представитель своего вида — величественный Конг. Учёные, годами наблюдающие за гигантской обезьяной, начинают раскрывать тайны его происхождения. Их исследования указывают на то, что историческая родина титанов и источник их невероятной силы скрыты в таинственном Подземном мире — неизведанной экосистеме в ядре планеты, где законы физики и времени действуют иначе.
В это же время гениальный и одержимый руководитель «Апекс» Уолтер Симмонс продвигает собственную амбициозную программу «Мехагодзилла» — создание искусственного титана, способного противостоять древним существам и вернуть абсолютный контроль человечеству над планетой. Для активации своего кибернетического оружия ему требуется уникальный энергетический источник, который может быть добыт только в недрах Земли.
Судьбы монстров неумолимо ведут к глобальному столкновению. Команда «Монарха» во главе с упрямым геологом доктором Нейтаном Линдом и его помощницей доктором Аллисон предпрнимает опаснейшую экспедицию в Подземный мир, используя Конга как проводника и защитника. Их путь лежит через фантастические ландшафты, где парят горы из кристаллов, текут реки расплавленного света и обитают доисторические существа, невиданные человеческим глазом.
Но по мере их продвижения к центру Земли Годзилла, чувствуя нарушение древнего баланса, начинает свою охоту на Конга. Океанские глубины содрогаются от его рёва, предвещающего битву тысячелетия. Два легендарных противника, разделённые миллионами лет эволюционной вражды, сходятся в эпическом противостоянии, которое проносится над океанскими безднами и пронзает небоскрёбы мегаполисов.
Пока титаны выясняют, кто достоин короны властелина мира, группа исследователей во главе с Берни Хейсом спешно раскапывает мрачные тайны «Апекс», понимая, что истинная угроза может исходить не от древних существ, а от рук самого человечества. На кону — судьбоносный вопрос, кто будет определять будущее планеты: её древние хранители, их создатели или новоиспечённые боги, рождённые от человеческой гордыни и безграничных технологий. Война за трон Земли достигает своей кульминации, где каждый удар отзывается эхом в судьбе всего живого.
